Histon teras ditemui dalam nukleus sel eukariot dan kebanyakan filum arkea, tetapi tidak dalam bakteria.[18] Alga unisel yang dikenali sebagai dinoflagelat sebelum ini dianggap sebagai satu-satunya eukariot yang tiada histon langsung,[23] tetapi kajian terkemudian menunjukkan bahawa DNA mereka masih mengekod gen histon.[24] Tidak seperti histon teras, homolog protein histon penghubung (H1) kaya lisina ditemui dalam bakteria, atau dikenali sebagai nukleoprotein HC1/HC2.[25]

Telah dicadangkan bahawa protein histon teras secara evolusi berkaitan dengan bahagian heliks domain AAA+ ATPase dilanjutkan, domain C, dan domain pengiktirafan substrat terminal N protein Clp/Hsp100. Walaupun terdapat perbezaan dalam topologi mereka, ketiga-tiga lipatan ini berkongsi motif heliks-untaian-hekils (HSH) homolog.[16] Ia juga dicadangkan bahawa ia mungkin telah berkembang daripada protein ribosom (RPS6 / RPS15), kedua-duanya adalah protein pendek dan bes.[26]

Histon arkea mungkin menyerupai pelopor evolusi kepada histon eukariot.[18] Protein histon adalah antara protein-protein yang paling terpelihara dalam eukariot, dengan itu menekankan peranan pentingnya dalam biologi nukleus.[2]:939 Sebaliknya, sel sperma matang sebahagian besarnya menggunakan protamina untuk membungkus DNA genomik mereka, kemungkinan besar kerana ini membolehkannya mencapai nisbah pembungkusan yang lebih tinggi.[27]

Terdapat beberapa bentuk varian dalam beberapa kelas utama. Ia berkongsi homologi jujukan asid amino dan persamaan struktur teras kepada kelas histon utama tertentu, tetapi juga mempunyai ciri tersendiri yang berbeza daripada histon utama. Histon kecil ini biasanya menjalankan fungsi khusus metabolisme kromatin. Contohnya, CENPA seperti histon H3 dikaitkan dengan hanya kawasan sentromer kromosom. Histon H2A varian H2A.Z dikaitkan dengan promoter gen yang ditranskripsi secara aktif, dan juga terlibat dalam pencegahan penyebaran heterokromatin senyap.[28] Tambahan pula, H2A.Z mempunyai peranan dalam kromatin untuk kestabilan genom.[29] Satu lagi varian H2A, H2A.X, difosforilkan di S139 di kawasan sekitar pemutusan dwiuntaian dan menandakan rantau ini agar dijalankan pembaikan DNA.[30] Histone H3.3 dikaitkan dengan badan gen yang ditranskripsi secara aktif.[31]